Clomipramina é usado para tratar a depressão e distúrbios do humor. Outras condições psicológicas que podem ser tratadas com clomipramina são as obsessões, estados de pânico e fobias (medo irracional), condições de dor crônica e fraqueza muscular (cataplexia) associados com ataques repetidos de sonolência excessiva (narcolepsia) em adultos, ejaculação precoce. Em crianças acima de 5 anos, clomipramina é utilizado para tratar obsessões e incontinência urinária noturna.